在生物洁净室的设计中，对洁净度的要求非常高，在减少室内污染的同时，确保对外室的压差关系，这对于产品的质量和工艺起到关键性因素。不同生产工艺的要求在同一区域内，具有不同等级的洁净室，正压控制区内，有负压要求的房间，以限制污染空气向周围扩散。负压区域内也有相对正压的要求，保护外在环境中的产品受到污染，要达到洁净度的要求，对于室外洁净区之间有一个压力递增的关系。以最低级别正压10帕来讲，按照要求，最高静压差值要有25帕左右，以保证每一个不同区域有一个明确的压差值，确保生产过程中的稳定性。要以压差作为控制指标，对不同的洁净室压差建立一个控制系统，保证其对于室外的压差值，达到压差关系的平衡。在操作过程中，要注意设定值的选取控制值的稳定性。

                   设定值的选取从节能和保证洁净度考虑，规定要求中静压差的下限值，无上限要求。因此系统的风量设计通常考虑控制中的波动因素，设计压差值选取过大，例如相邻等级不一样的洁净室之间，以10帕为控制标准，则最高等级室内的压差设定值相对室外能达到40帕以上。为了可靠，有可能把设定值选的更高，尽管满足了要求，却因加大送风量，加大了净化空调系统中新风的处理量，减少了回风的利用率，加大处理为保证静压而需要的新风量所消耗的冷热量，避免了能源损耗。不同等级的洁净室洁净区与非洁净区间的静压保持在2.94帕，洁净区与室外的压差保持在4.9帕，以此保证洁净室不受外界的空气污染。要达到压差控制的要求，压差控制的稳定性很重要，以压差为控制对象的闭环控制系统里，有很多影响其稳定的因素，静态调试中机组总送回风量的波动，如靠调节新风量控制洁净室风压的单风机空调机组，新风量波动时，会干扰回风量的波动。送回风支管的风量波动，由于一台空调机组控制很多房间，有些洁净室压差变化使自控回风阀调节，改变了风管回风量，这样会其他房间的压差稳定，生产过程中局部排风设备的开停，会破坏房间的压差平衡，系统需重新调节回风量，让压差回到设定值。洁净室门的开关对面积较小的房间，影响较大。还有室内人员的走动和设备运转，会干扰气流走向，使压差检测值处于不稳定状态。